Была построена схема переходов глобального выравнивания для следующих 2-х последовательностей (в файле matrix):
1) Последовательность первых 4-х остатков белка CUER_ECOLI: M, N, I, S;
2) Последовательность из 5 букв, полученная путем внесения в последовательность первых 4-х остатков белка CUER_ECOLI двух замен: аспарагин был заменен на лизин, изолейцин на лейцин, а между аспарагином и изолейцином вставлен валин.
С помощью алгоритма Нидельмана-Вунша был вычислен оптимальный путь выравнивания.При вычислении оптимального пути выравнивания за совпадение прибавляли 2, за несовпадение вычитали 1, а за гэп вычитали 2. Вес данного выравнивания равен 2.
Ниже приведена аналогичная схема выравнивания, сделанная "вручную":